Współpracował z powstałym w 1988 roku Kręgiem Instruktorów ZHP i Wychowawców „Ruch Kamykowy” oraz z powstałą w 1984 Komisją Historyczną Szarych Szeregów.
Do pracy w harcerstwie powrócił ponownie w 1989, aktywnie uczestniczył w przeprowadzaniu zmian w ZHP ukoronowanych przywróceniem tradycyjnego Przyrzeczenia i Prawa Harcerskiego na XXVIII Zjeździe ZHP w grudniu 1990 roku. Na tym zjeździe został wybrany na funkcję Przewodniczącego ZHP.
Był autorem ponad 200 prac na temat normalizacji technicznej.
Śmierć i upamiętnienie mały|Grób hm. Stefana Mirowskiego na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie Harcmistrz Stefan Mirowski zmarł nagle podczas światowej konferencji skautowej w Oslo, gdzie przewodniczył delegacji odbierającej certyfikat potwierdzający członkostwo ZHP w WOSM – Światowej Organizacji Ruchu Skautowego.
Został pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera A20-1-6). Od 2004 roku jest bohaterem Chorągwi Dolnośląskiej ZHP.
10 października 2008 roku w Ogrodzie Jordanowskim przy ul. Antoniego Odyńca na warszawskim Mokotowie odsłonięto tablicę memoratywną ku czci harcmistrza Stefana Mirowskiego.
Tablicę upamiętniającą Stefana Mirowskiego umieszczono również na domu przy ul.