Pozwala on miażdżyć przeciwników, zeskakiwać z Yoshiego i bezpiecznie odbijać się od tych, których zwykle nie można zranić, albo rozbijać niektóre bloki, ale tylko wtedy, gdy gracz ma aktywny power-up. Gra ma łącznie 96 wyjść z poziomów.
Gracz porusza się po dwóch rodzajach ekranów: mapie świata oraz poziomach z przewijanym poziomo ekranem (niektóre z nich przewijają się automatycznie). Mapa świata pokazuje z góry bieżący świat. Prowadzi przez nią kilka ścieżek od wejścia do zamku. Ścieżki łączą pola poziomów, fortece, nawiedzone domy, zamki i inne ikony, dzięki czemu do celu świata można dotrzeć różnymi drogami. Gdy gracz przesunie postać na pole poziomu lub zamek, może wejść do tego poziomu. Większość gry toczy się na dwuwymiarowych, liniowych poziomach pełnych przeszkód i przeciwników. Gracz pokonuje je biegiem i skokami, a przeciwników omija albo pokonuje. Ma do dyspozycji pewną liczbę żyć i traci jedno z nich, gdy mały Mario zetknie się z przeciwnikiem, gdy postać spadnie poza ekran, zostanie zmiażdżona, dotknie lawy albo skończy się czas. Gra kończy się, gdy graczowi skończą się życia. Może on jednak wybrać opcję „Continue” i grać dalej od ostatniego punktu zapisu, czyli od ostatniego ukończonego zamku, fortecy lub nawiedzonego domu. W każdym z siedmiu światów są fortece, w których rządzi jeden z Koopalings.