Neo spotyka się z Wyrocznią, która wskazuje mu jego ścieżkę. Będzie on musiał podjąć decyzję – wybór pomiędzy zachowaniem swojego życia a uratowaniem Morfeusza. Wyrocznia sugeruje, że Neo wybrańcem nie jest, przynajmniej jeszcze nie. Wkrótce potem Cypher, jeden z członków załogi Nabuchodonozor, preferujący ignorancję zamiast prawdy, zdradza Morfeusza, którego pojmują agenci. Chcą wydobyć z niego kod dostępu do Syjonu – jedynego miasta ludzi, do którego maszyny nie mają dostępu. Neo dokonuje wyboru przepowiedzianego przez wyrocznię – wyrusza wraz z Trinity na ratunek Morfeuszowi. Udaje się go uwolnić i bezpiecznie doprowadzić do wyjścia z Matriksa. Na przeszkodzie po raz kolejny staje jednak agent Smith – po ucieczce Trinity przestrzeliwuje kabel, pozwalający na bezpieczne przejście do prawdziwego świata. Neo podejmuje walkę z agentem, który ginie w obecnym ciele pod kołami pociągu. Wkrótce pojawia się w nowym wcieleniu, zmuszając Neo do ucieczki.