W tym samym czasie w prawdziwym świecie maszyny przeprowadzają atak na statek Morfeusza. Nie może on odpalić ładunków niszczących układy elektroniczne w sytuacji, gdy Neo jest podłączony do Matriksa. Sytuację komplikuje fakt, że niedoszły Wybraniec zostaje postrzelony i zabity przez agenta. Trinity nie może pogodzić się ze śmiercią ukochanego – jej pocałunek w prawdziwym świecie przywraca go do życia w Matriksie. Zmartwychwstały Neo doznaje olśnienia, staje się wybrańcem. Zatrzymuje lecące w jego stronę kule, a następnie niszczy agenta Smitha. Po powrocie Neo do prawdziwego świata Morfeusz odpala ładunki elektromagnetyczne niszczące maszyny oraz elektroniczne układy Nabuchodonozora.
Wkrótce potem Neo powraca do Matriksa – grozi maszynom, że zrobi wszystko, by otworzyć ludziom oczy i wyzwolić spod panowania robotów.
Obsada Keanu Reeves – Thomas Anderson / Neo Laurence Fishburne – Morfeusz Carrie-Anne Moss – Trinity Hugo Weaving – agent Smith Julian Arahanga – Apoc Marcus Chong – Tank Belinda Mcclory – Switch Matt Doran – Mouse Gloria Foster – Wyrocznia Joe Pantoliano – Cypher Anthony Ray Parker – Dozer Robert Taylor II – agent Jones Paul Goddard – agent Brown
Produkcja Matrix został wyprodukowany przez studia Warner Bros.