Zaburzenia te wedle definicji Rabe-Jabłońskiej polegają na odczuwaniu dyskomfortu czy też silnej dezaprobaty w związku z własną płcią, a dokładniej z obecności takich, a nie innych zewnętrznych narządów płciowych.
Wedle pięciopoziomowej koncepcji życia płciowego Martina Seligmana, w której im niższy poziom, tym bardziej zależy on od biologii, a mniej od świadomości, transseksualizm dotyczy pierwszego poziomu, to znaczy posiadanych narządów płciowych.
Kluczową cechą transseksualizmu jest niezgodność pomiędzy płcią psychiczną a anatomicznymi cechami płciowymi, przy braku chorób psychicznych, nieprawidłowości hormonalnych lub genetycznych. W przeciwieństwie do interseksualizmu, gdzie występują zaburzenia cielesno-hormonalno-genetyczne, osoba transseksualna ma prawidłowo zbudowane narządy płciowe i prawidłowo funkcjonujący układ endokrynny, natomiast obserwuje się przeciwną do cielesnej płeć psychiczną. W konsekwencji zdiagnozowanie transseksualizmu wymaga wykluczenia istnienia nieprawidłowości hormonalnych lub genetycznych oraz zaburzeń psychologicznych, psychiatrycznych lub neurologicznych mogących być podłożem podobnego obrazu klinicznego.