Komponentem afektywnym, emocjonalnym charakterystycznym dla transseksualizmu jest tzw. zespół dezaprobaty płci (ang. gender dysphoria syndrome). Liczy on co najmniej 4 wymiary: cielesności, roli społecznej, seksualności oraz tożsamości płciowej. Oznacza to występowanie u osób transseksualnych trwałego dyskomfortu psychicznego o istotnym nasileniu, związanego z posiadaniem cech płciowych, odczuwanych jako nieodpowiednie. Występuje niezgodność pomiędzy płcią, którą pacjent odczuwa, a płcią stwierdzoną po porodzie na podstawie morfologicznych wykładników płci oraz pomiędzy rolami płciowymi, wypełniania których oczekuje się od niego. Pacjent czuje, jakby nie był w swoim właściwym ciele, czuje się kobietą uwięzioną w ciele mężczyzny bądź mężczyzną uwięzionym w ciele kobiety. Problemu upatruje nie w swym umyśle, a w ciele. Czuje się skrzywdzony. Traktuje niektóre części swego ciała z awersją. Występuje trwałe zaabsorbowanie chęcią pozbycia się posiadanych cech płciowych i nabycia w ich miejsce cech płci odmiennej, dostosowanej do odczuwanej płci psychicznej. Osoba taka odczuwa pragnienie życia jako człowiek przeciwnej do cielesnej płci, zależy jej na akceptacji jako osoba takiej płci, na przynależności do tej płci. Unika spoglądania na siebie w lustrze, nosi ubrania maskujące cechy płci.