Skłaniał się ku jansenizmowi, a w 1679 potępił tezy laksystyczne. Rok później poparł Tirso Gonzáleza i jego teorię probabilioryzmu, przeciwstawiając się probabilizmowi. Popierał także teorie kwietysty Miguela de Molinosa, jednak pod wpływem Świętego Oficjum potępił potem jego dzieło "Przewodnik duchowy", a samego autora nakazał aresztować.
Papież stawiał opór żądaniom Ludwika XIV, który rozszerzył prawo króla do obsadzania stolic biskupich (regalia) i podporządkowanie kleru francuskiego. Wobec protestu dwóch biskupów, król nakazał księżom wydać 19 marca 1682 Cztery Artykuły Gallikańskie, negujące władzę papieską. Innocenty, 11 kwietnia 1682 nie uznał Artykułów i odmówił zatwierdzenia biskupów nominowanych przez Ludwika, na 35 stolic. Zirytowany król Francji postanowił anulować w 1685 roku edykt nantejski i dopuszczał ataki na hugenotów. Papież postanowił jednak nie reagować, ponieważ wiedział czym kieruje się król, a dodatkowo 2 lata później wyrzucił z Rzymu ambasadora francuskiego.