W zamian za to czeski król wydał specjalny przywilej, w którym nazwał biskupa „principis et fidelis”, co świadczyło o ogromnym zaufaniu jakim go obdarzył. Ochoczo pojechał za to do Pragi na koronację Wacława II w 1297 r. Prawdopodobnie uczestniczył on także w imieniu króla Czech w pertraktacjach z księciem Władysławem Łokietkiem i rozmowach z opozycją możnowładczą w Wielkopolsce. Jan Muskata wziął udział w wyprawie zbrojnej Wacława przeciw Łokietkowi w 1300 r., zakończonej jego wygnaniem z Polski i koronacją Przemyślidy w Gnieźnie na króla Polski. Kiedy w 1301 r. na królu Andrzeju III wygasła węgierska dynastia Arpadów, najpoważniejszym kandydatem do tronu okazał się król Czech i Polski Wacław II, a właściwie jego syn i imiennik Wacław III, koronowany na króla Węgier jako Władysław V. W triumfalnym początkowo pochodzie młodszego Wacława po Koronę Świętego Stefana uczestniczył i Jan Muskata. Musiał on oddać królowi jakieś cenne usługi, został bowiem mianowany podkanclerzym Królestwa Węgierskiego, dla swego biskupstwa uzyskując cenne nadanie (Pławiec). Dopiero kiedy w walki o koronę węgierską wmieszał się przeciw Wacławowi papież Bonifacy VIII, Muskata, obawiając się utraty biskupstwa, w pośpiechu powrócił do Polski.