Jego decyzję o powrocie przyspieszyła akcja kościelnego zwierzchnika – metropolity gnieźnieńskiego Jakuba Świnki, który obłożył Jana Muskatę karami kościelnymi.
Można przypuszczać, że biskup krakowski snuł plany uniezależnienia swej diecezji spod kościelnej jurysdykcji Gniezna i przyłączenia do planowanej metropolii praskiej. Od początku rządów biskup Jan Muskata dbał o umacnianie gospodarczej i militarnej pozycji biskupów krakowskich oraz króla na obszarze swojej diecezji. Jego głównym celem była budowa księstwa biskupiego wokół posiadłości biskupów krakowskich w Małopolsce, na wzór biskupów wrocławskich. Po uzyskaniu stosownego przywileju Wacława, otoczył murami najbogatsze z biskupich miast – górniczy Sławków oraz obwarował inne ośrodki dóbr, m.in. Iłżę, Tarczek i Kielce. Jego największym przedsięwzięciem budowlanym było wzniesienie zamku w biskupiej wsi Lipowiec. Jan Muskata okazał się w tym okresie świetnym gospodarzem i zarządcą dóbr kościelnych, jednak bardzo niedbałym duszpasterzem. Zaniedbywał obowiązki wizytacyjne i liturgiczne, nie potrafił wysiedzieć na nabożeństwach, a do tego łamał celibat z niejaką Gerussą – córką wójta sądeckiego.