Jesienią 1304 r., z pomocą zaprzyjaźnionych możnowładców węgierskich, powrócił do Polski z wygnania książę Władysław Łokietek, którego od razu poparła cała antyczeska opozycja. W 1304 r. Łokietek zajął Wiślicę, a w 1305 r. – zdobył Sandomierz. W tym czasie w Małopolsce zaczęła się wojna domowa. Dowódcy najemnych oddziałów Jana Muskaty w swych ciągłych wyprawach pacyfikacyjnych palili i grabili miasta, wsie i kościoły (ogółem podobno aż 37). Sam biskup krakowski miał wskazywać swym podwładnym topór jako najlepszy „klucz św. Piotra” do otwierania kościołów zarządzanych przez księży wiernych Łokietkowi. Świątynie były gruntownie rabowane ze sprzętów kościelnych i ksiąg oraz dewastowane w poszukiwaniu pieniędzy. Ludzie Muskaty chwytali i więzili dla okupu niewinnych ludzi w zamkach i warowniach. Biskup Jan często przebywał pod jednym dachem ze swoimi dowódcami, udzielał im sakramentów i błogosławił, a także udzielał dyspensy od postów.