Wojna domowa o Małopolskę 1304–1305 Jan Muskata jako biskup krakowski był przede wszystkim politykiem. Król Wacław powierzył mu ważną funkcję starosty, czyli królewskiego namiestnika w ziemiach krakowskiej i sandomierskiej. Miało to miejsce zapewne dwukrotnie w latach 1303–1305 i 1305–1306. Większość oskarżeń skierowanych przeciw Muskacie w procesach kanonicznych dotyczyła czynności związanych z tym urzędem. Mówiono więc np. o licznych „mężobójstwach” Muskaty, które w rzeczywistości były egzekucjami dokonanymi na rozkaz biskupa – starosty na wrogach politycznych króla. Latem 1304 r. arcybiskup Jakub Świnka ponownie zaatakował Muskatę. Król czeski doprowadził 21 sierpnia 1304 r. do korzystnego dlań wyroku sądu rozjemczego pod przewodnictwem biskupa wrocławskiego Henryka z Wierzbna.