Jego dwaj kanonicy w dniu 12 lipca 1306 r. rozpoczęli w Sandomierzu zaoczny proces kanoniczny przeciw niebezpiecznemu biskupowi krakowskiemu. W sierpniu 1306 r. Jan Muskata przebywał w Krakowie, wspólnie z wiernymi Czechom mieszczanami krakowskimi przygotowując zamek i miasto do przyjęcia armii Wacława. Losy Władysława Łokietka wydawały się przesądzone w obliczu przeważających sił czeskich, ale w dniu 4 sierpnia 1306 r. w Ołomuńcu na Morawach, został skrytobójczo zasztyletowany Wacław III. Zebrana armia czeska odmówiła dalszego marszu na Kraków, a Czechy pogrążyły się w zamęcie dynastycznych walk o koronę. W tej sytuacji Muskacie i innym stronnikom czeskim w Polsce usunął się grunt spod nóg. W dniu 1 września 1306 r., w Krakowie, odbył się wielki wiec, na którym rycerstwo, mieszczanie i biskup krakowski uznali za swego władcę księcia Władysława. Opuszczona załoga czeska na Wawelu skapitulowała lub została pokonana i nowy książę uroczyście rozpoczął swe panowanie. Nagrodą za zmianę postawy był przywilej Władysława Łokietka dla biskupa Jana Muskaty z 2 września 1306 r., pełen daleko idących obietnic i nowych, nigdy nie spełnionych nadań (np. zwrot Biecza, nadanie Chęcin).