Dalsze spory i procesy z Władysławem Łokietkiem 1307–1320 Już rok później konflikt Jana Muskaty z nowym władcą Polski miał się odnowić. Zaczęło się od z pozoru błahej sprawy – spustoszenia dóbr biskupich przez książęcych rycerzy. Gdy biskup próbował nawiązać stosunki z politycznymi rywalami Łokietka, zapewne Henrykiem III, księciem głogowskim lub Mikołajem, księciem opawskim, został wygnany z diecezji. Biskupstwo utraciło wszystkie cenne nabytki gospodarcze z czasów Wacławów, a nawet na pewien czas inne starsze posiadłości. Jednocześnie wspierający księcia arcybiskup gnieźnieński Jakub Świnka ponownie wytoczył Muskacie proces kanoniczny i 14 czerwca 1308 r. zaocznie zawiesił go w czynnościach biskupich, obłożył karami kościelnymi (w tym ekskomunikąKs. Piotr Nitecki, Biskupi Kościoła w Polsce. Warszawa 1992, s. 145.) oraz oczyścił kapitułę krakowską z jego zwolenników. Pod koniec 1308 r. Jan Muskata został wezwany przez Łokietka na rozmowy do Krakowa i aresztowany. Przesiedział pół roku w ciemnej wieży nieopodal własnej katedry, aż do podpisania kapitulacyjnej ugody 2 lipca 1309 r. Następnie przez całą dekadę przebywał na wygnaniu, przeważnie u zaprzyjaźnionego biskupa wrocławskiego Henryka z Wierzbna, tocząc walkę o odzyskanie opuszczonej katedry na polu kościelnym.