W 1918 powrócił do pracy w szpitalu św. Łazarza, ponadto od 1919 był asystentem w Klinice Lekarskiej UJ. W tym czasie kontynuował pracę naukową i w 1923 habilitował się obejmując następnie stanowisko docenta w II Klinice Chorób Wewnętrznych. W 1928 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego i został kierownikiem I Kliniki Chorób Wewnętrznych Wydziału Lekarskiego UJ. W roku akademickim 1937–1938 pełnił funkcję dziekana Wydziału Lekarskiego UJ. W 1939 Rada Wydziału Lekarskiego zgłosiła kandydaturę Tadeusza Tempki na profesora zwyczajnego.
6 listopada 1939 został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau i trafił do obozu Sachsenhausen. Zwolniony 8 lutego 1940, następnego dnia wrócił do Krakowa. W czasie okupacji pracował jako lekarz m.in. w getcie krakowskim, brał udział w tajnym nauczaniu oraz kontynuował pracę naukową opracowując podręcznik hematologii wydany w 1950 Choroby układu krwionośnego.
W 1947 otrzymał tytuł profesora zwyczajnego, został kierownikiem II Kliniki Chorób Wewnętrznych UJ, a od 1950 Akademii Medycznej. W 1963 przeszedł na emeryturęArtur Jurczyszyn, Tadeusz TEMPKA (1885–1974) współtwórca polskiej hematologii prezentacja [dostęp 2024-05-07]..