Zarówno kościoły łacińskie, jak i prawosławne były przejmowane przez szlachtę, która przyjęła wyznanie protestanckie.
Sieć dekanalna rozwijała się wraz z siecią parafialną. Na czele dekanatu stał protopop, do którego obowiązków należało wizytowanie podległych mu parafii, pobieranie opłat na rzecz biskupa, czuwanie nad wypełnianiem obowiązków przez proboszczów swojego dekanatu, sprawowanie władzy sądowniczej.
Duchowieństwo Na czele Cerkwi prawosławnej w Koronie i na Litwie stał metropolita Kijowa i od 1508 roku Halicza, który podlegał patriarsze w Konstantynopolu. W XVI wieku o wyborze metropolitów decydowali królowie. Opinie patriarchy i biskupów były pomijane.