Dodatkowo postawa ta wzmocniła konflikt ojca Kalwina z dostojnikami kościelnymi z Noyon, co zniweczyło szanse na karierę duchowną Kalwina.
W 1528 po tym, jak Kalwin otrzymał tytuł magistra sztuk, ojciec kazał mu porzucić studiowanie teologii i poświęcić się studiom prawniczym. Posłuszny ojcu, Kalwin wyjechał do Orleanu, gdzie zapisał się na tamtejszy renomowany wydział prawa. Po upływie 3 lat i studiach w Bourges i Paryżu, Kalwin uzyskał doktorat z prawa oraz aplikanturę. Poznał również gruntownie starożytną grekę i łacinę.
Zerwanie z Kościołem katolickim Śmierć ojca w 1531 dała Kalwinowi możliwość decydowania o własnym losie. Powrócił wtedy do ośrodka życia intelektualnego, Paryża. Nie wiadomo kiedy dokładnie Kalwin przeszedł na protestantyzm – było to między 1532 i 1534. Kalwin był autorem mowy inauguracyjnej nowo wybranego rektora Uniwersytetu Paryskiego, Wilhelma Capa, która wywołała skandal. Mowa, wygłoszona w 1533, zawierała obronę tez Lutra i spowodowała oskarżenie rektora o herezję. Rektor wraz z Kalwinem pospiesznie opuścili Paryż.