Kalwin wiele podróżował po Francji, Włoszech i Szwajcarii. 4 maja 1534 wrócił do Noyon, aby zrzec się beneficjów kościelnych. Korzystanie z takich dochodów, chociaż były jego głównym źródłem utrzymania, uznał za niemoralne. Było to także ostateczne zerwanie związków z Kościołem katolickim. Raz jeszcze przebywał w Paryżu, lecz opuścił to miasto po akcji plakatowej radykalnych protestantów jesienią 1534 roku. We Francji nasiliły się represje wobec innowierców. Tej polityce patronował król Franciszek I. Kalwin ostatecznie uciekł z Francji na początku 1535 roku i zatrzymał się w Bazylei.

Reformator religijny thumb|Strona tytułowa „Instituto” Na początku 1536 w Bazylei Kalwin opublikował swoje najważniejsze dzieło: Institutio religionis christianae (Ustanowienie religii chrześcijańskiej). Zadedykował je Franciszkowi I z myślą, że osłabi niechęć króla wobec „antypaństwowej” postawy radykalnych protestantów. Dzieło Kalwina wyróżniało się systematycznością i jasnością doktryny. Po wielu zmianach wydanie ostateczne ukazało się w 1559 i od razu uczyniło z Kalwina wiodącą postać protestantyzmu, co było jednak sprzeczne z aspiracjami Kalwina, marzącego o spokojnej karierze akademickiej.