Czterej radni – główni przeciwnicy Kalwina – popadli w tym czasie w niełaskę, zaś w Genewie panował coraz większy chaos i nieporządek. Rada Miasta zwróciła się z błaganiem do Kalwina, aby powrócił do Genewy. Ta propozycja przeraziła Kalwina, który miał jak najgorsze wspomnienia ze swojego pierwszego pobytu w tym mieście, niemniej po usilnych prośbach przedstawicieli Rady, a przede wszystkim za namową Farela, zgodził się, pod warunkiem zaakceptowania przez Radę jego teorii dyscypliny kościelnej. Przyznał jednocześnie, że zawinił w Genewie zbytnią surowością i zniecierpliwieniem.
Powrót Kalwina do Genewy był triumfem. Uważany za „męża opatrznościowego” i sam o tym przekonany, Kalwin (jako naczelny pastor, a od 1555 przewodniczący Konsystorza) zaczął energiczną działalność organizatorską, z poparciem całej rady miejskiej. W przekonaniu Kalwina całe życie chrześcijanina miało być podporządkowane religii. W tym duchu rada miejska Genewy zmieniała prawa. W świetle nowych badań popularny pogląd, jakoby Genewa czasów Kalwina stała się republiką teokratyczną, jest podważany. W praktyce rada miejska często nie zgadzała się z opiniami Kalwina. Ponadto przez większość pobytu reformatora w Genewie władza w mieście przypadała tzw. libertynom (stronnictwo głównego oponenta Kalwina – ).