Był także reprezentantem protestantów w dysputach religijnych w Wormacji (1540) i Ratyzbonie (1541).
Kalwin w 1539 poślubił Idelette de Bure, wdowę po nawróconym anabaptyście Janie Stordeurze z Löttich.
Powrót do Genewy
Kościół katolicki podjął ostrożne działania, aby nakłonić mieszkańców Genewy do powrotu na łono katolicyzmu. Wygnany biskup Genewy Jean Pierre de la Baume zorganizował konferencję w sąsiednim księstwie celem przywrócenia władzy Kościoła rzymskiego w Genewie. Zadanie nakłonienia mieszkańców miasta do powrotu do Kościoła katolickiego powierzono wykształconemu i łagodnemu kardynałowi Jacopo Sadoleto. W marcu 1539 Sadoleto napisał list do mieszkańców Genewy, w którym przedstawił idylliczny obraz Kościoła katolickiego, oczerniając – bez wymieniania nazwisk – reformatorów jako wichrzycieli i ludzi kierowanych niskimi pobudkami. Kalwin przebywał w tym czasie na wygnaniu w Strasburgu. We wrześniu przesłano mu kopię listu Sadoleta z prośbą o odpowiedź. Odpowiedział na list kardynała w ciągu siedmiu dni. Napisany przez Kalwina głośny List do Sadoleta, uchodzi do dziś za majstersztyk pisarstwa polemicznego.