27 sierpnia 1944 z polecenia Bolesława Bieruta odwiedził go Jerzy Putrament, aby nakłonić go do wspierania partii komunistycznej pod przywództwem Bolesława Bieruta. Odmówił, po czym Putrament wychodząc podniósł rękę i wykrzyknął: „pan tego pożałuje”. Następnego dnia 28 sierpnia 1944 w swoim mieszkaniu został aresztowany przez NKWD. Torturowany, w więzieniu podjął głodówkę. Wyczerpany głodówką 20 lipca 1945 na noszach został przeniesiony do szpitala więziennego przy placu Łukiskim na Łukiszkach w Wilnie, gdzie zmarł z wycieńczenia następnego dnia 21 lipca 1945A. Śródka, Ehrenkreutz Stefan Łukasz, [w:] tenże, Uczeni polscy XIX-XX stulecia, t. I: A-G, Warszawa 1994, s. 440; M. Smogorzewska, Ehrenkreutz Stefan Łukasz, [w:] taż, Posłowie i senatorowie Rzeczypospolitej Polskiej 1919-1939. Słownik biograficzny, T. II: E-J, Warszawa 2000, s. 29, 29: 20 VII 1944 jako data śmierci jest datą błędną.. Jego symboliczny grób znajduje się na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 30-6-30).
Rodzina Był synem Władysława i Emilii Joanny z domu DaneckiejM. Bielińska, Ehrenkreutz Stefan Łukasz, [w:] Słownik biograficzny archiwistów polskich, t. I: 1918–1984, Warszawa–Łódź 1988, s. 58..