Pierwszą żoną Stefana Ehrenkreutza była poślubiona w 1907 Tekla Zweibaum (zm. 1909), siostra Juliusza Zweibauma, profesora Uniwersytetu Warszawskiego, a następnie Akademii Medycznej w Warszawie. W małżeństwie tym miał córkę Emilię (1909-1988), żonę prof. Łukasza KurdybachyM. Bielińska, Ehrenkreutz Stefan Łukasz, [w:] Słownik biograficzny archiwistów polskich, t. I: 1918–1984, Warszawa–Łódź 1988, s. 59.A. Śródka, Ehrenkreutz Stefan Łukasz, [w:] tenże, Uczeni polscy XIX-XX stulecia, t. I: A-G, Warszawa 1994, s. 439: tutaj Juliusz Zweibaum mylnie określony teściem Ehrenkreutza..
Jego drugą żoną, poślubioną w 1916, była córka profesora Jana Niecisława Baudouin de Courtenay Cezaria Baudouin de Courtenay Ehrenkreutz Jędrzejewiczowa, profesor etnografii na Uniwersytecie Warszawskim i rektor Polskiego Uniwersytetu na Obczyźnie w Londynie. Dziećmi z tego związku byli: Krystyna (zm. 1927), Tadeusz (zm. 1976) żołnierz AK na Wileńszczyźnie, oraz Andrzej Stefan Ehrenkreutz (1921–2008), działacz polonijny, wieloletni profesor na Uniwersytecie Michigan w Ann Arbor, USA, a potem współtwórca Australijskiego Instytutu do Spraw PolskichA. Śródka, Ehrenkreutz Stefan Łukasz, [w:] tenże, Uczeni polscy XIX-XX stulecia, t. I: A-G, Warszawa 1994, s.