Burmistrzem stolicy Ma pozostał do 25 grudnia 2006.
Przewodniczący Kuomintangu Pozycja Ma Ying-jeou wewnątrz Kuomintangu wzrosła po przegranej dotychczasowego przewodniczącego Lien Chana w wyborach prezydenckich w 2004. Ma był wówczas postrzegany jako jego naturalny sukcesor. W kwietniu 2005 Ma ogłosił swój udział w wyborach przewodniczącego partii. 16 lipca 2005 na kongresie Kuomintangu pokonał swego rywala, Wanga Jin-pynga zdobywając 72% głosów poparcia.
Kuomintang pod jego przywództwem odniósł przytłaczające zwycięstwo w wyborach lokalnych w grudniu 2005.
13 lutego 2007 Ma został oskarżony przez prokuraturę o defraudację prawie 340 tys. USD, zapisanych jako wydatki specjalne w okresie, kiedy był burmistrzem Tajpej. Prokuratura zarzuciła mu użycie państwowych funduszy w celach prywatnych, takich jak na przykład pokrycie kosztów studiów zagranicznych córki czy bieżące wydatki domowe. W tym samym dniu zrezygnował ze stanowiska przewodniczącego partii, zaprzeczając jednocześnie wszelkim zarzutom i deklarując swoją niewinność. Tłumaczył, iż specjalne fundusze były częścią jego wynagrodzenia, jednak zostały wydane wyłącznie na cele publiczne i charytatywne.