14 sierpnia 2007 urząd skarbowy uznał, iż Ma jest niewinny i oczyścił jego osobę spod wszystkich zarzutów, Channel NewsAsia, 14 sierpnia 2007..
Prezydent thumb|260px|Ma podczas wizyty na Uniwersytecie w Berkeley w USA, marzec 2006 13 lutego 2007 wraz z rezygnacją ze stanowiska szefa Kuomintangu, Ma zadeklarował zamiar startu w wyborach prezydenckich 22 marca 2008„Ma Ying-jeou indicted, resigns as KMT chairman”, Taipei Times, 13 lutego 2007., Taiwan Headlines, 14 lutego 2007.. Oficjalnie swoją kandydaturę zgłosił 2 maja 2007. 23 czerwca 2007 w czasie kongresu partii został oficjalnie mianowany kandydatem Kuomintangu„Ma said to pick Siew for 2008 race”, The China Post, 23 czerwca 2007..
22 marca 2008 został wybrany nowym prezydentem Republiki Chińskiej, zdobywając 58,45% głosów; 20 maja 2008 oficjalnie objął stanowisko prezydenta„New Taiwan president offers China dialogue”, International Herald Tribune, 20 maja 2008.. Zarówno w trakcie kampanii prezydenckiej, jak i w przemówieniu inauguracyjnym proponował przywrócenie dialogu z Chińską Republiką Ludową, jednocześnie zastrzegając niemożliwość zjednoczenia Chin w obecnych warunkach.