Po przedostaniu się do wnętrza organizmu A. phagocytophilum rozprzestrzenia się drogą naczyń krwionośnych i chłonnych, atakując komórki układu krwiotwórczego i siateczkowo-śródbłonkowego (możliwe jest wykrycie bakterii we krwi obwodowej, zatokach brzeżnych śledziony, węzłach chłonnych, nerkach, płynie mózgowo-rdzeniowym, płucach). Następnie na skutek rozpadu komórek dochodzi do uwolnienia się drobnoustrojów do krwi i wtórnego zakażenia wielu narządów i tkanek.
Z reguły HGA ma łagodny i samoograniczający przebieg. Po okresie inkubacji, trwającym 1-60 dni (najczęściej 7-10), u większości chorych pojawiają się nieswoiste objawy ostrej infekcji obejmujące wysoką gorączkę (>39 ºC), dreszcze, bóle głowy, mięśni i stawów, nadmierne pocenie się, a także ogólne osłabienie i utratę apetytu. Zajęcie układu oddechowego manifestuje się suchym kaszlem oraz atypowym zapaleniem płuc, naciekami płucnymi i zaburzeniami oddychania. Z kolei łagodnie przebiegające zmiany skórne pod postacią wysypki, nie będącej typowym objawem HGA, mogą wskazywać na współistnienie innej infekcji. Zaburzenia żołądkowo-jelitowe – mdłości, wymioty, biegunka, bóle brzucha również należą do objawów związanych z zakażeniem A. phagocytophilum.