Śląskie badania z zakresu dialektologii stały się później podstawą doktoratu, obronionego w Lipsku w 1873 r. Praca ta (Beiträge zur slavischen Dialectologie: Ueber die Oppelnsche Mundart), wydana w Lipsku w tym samym roku, jest dziś uznawana za pierwszy naukowy opis gwary polskiej na Śląsku. O dialekcie górnośląskim Malinowski pisał jako o „dialekcie słowiańskim” i tak był on klasyfikowany przez niemieckich językoznawców w okresie międzywojennym, natomiast polscy uważali go za część języka polskiego..
Praca jako nauczyciel Od 1870 roku Malinowski związany był do końca życia z Krakowem, poza krótką przerwą na nauczycielską pracę w ówczesnej stolicy Królestwa Kongresowego, Warszawie, w gimnazjum, w którym w tym czasie uczył się m.in. Roman Dmowski. Po powrocie uczył języka polskiego i języków klasycznych w gimnazjum św. Anny, kontynuując studia na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie w 1876 roku uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1877 r., po śmierci Henryka Sucheckiego objął po nim. Katedrę Filologii Słowiańskiej. 30 czerwca 1877 został członkiem Akademii Umiejętności. Był dziekanem wydziału filozoficznego (1887–1888), pełnił też obowiązki rektora tego uniwersytetu. Od 1880 r. był też członkiem komisji egzaminacyjnej kandydatów na nauczycieli gimnazjalnych i egzaminatorem z języka polskiego.