11 listopada 1882 objął stanowisko sekretarza wydziału filologicznego, które sprawował już do końca życia. W ciągu dwudziestu lat intensywnej pracy stworzył podwaliny pod pierwszą w Polsce szkołę lingwistyczną. Wyszło z niej później wielu wybitnych językoznawców. W roku 1883 Malinowski uzyskał tytuł profesora zwyczajnego„Gazeta Narodowa” R. 38 nr 18, 18 stycznia 1898..
Życie prywatne 4 kwietnia 1884 urodził się jego jedyny syn Bronisław Malinowski, który z powodu ciągłych napadów konwulsji i rozdrażnienia wczesne lata życia spędził we wsi Ponice koło Rabki. W 8. roku życia wrócił do Krakowa. Lucjan Malinowski mieszkał wtedy z żoną Józefą z d. Łącką w budynku Bursy Akademickiej. Rodzina była prosta, szczera i surowa. W niedzielę odbywały się zebrania familijne, na których trudne sprawy – awantury i problemy związane z płcią – były rozwiązywane z patriarchalną rozwagą pod starą gruszą. W domu państwa Malinowskich mówiono i czytano po francusku, śpiewano z upodobaniem francuskie piosenki i pielęgnowano frankofilstwo, które syn Malinowskiego, Bronisław określił później jako „fałszywe i nierealistyczne”, uznając zarazem za swoje „trzecie medium kulturowe”. Autorytet i osiągnięcia naukowe językoznawcy ukształtowały ambicje intelektualne u jego syna.