jesienią tegoż roku został przeniesiony do Olsztyna. Stanisław Sakowicz, który w 1951 odebrał kolejno nominacje na zastępcę profesora i profesora nadzwyczajnego, poza kierowaniem Instytutem otrzymał w Olsztynie także obowiązki w powstałej rok wcześniej Wyższej Szkole Rolniczej. Zajął się organizacją Wydziału Rybackiego (pełnił funkcję pierwszego dziekana, w 1954 zastąpiony przez Roberta Towarnickiego), w tym Katedry Rybactwa, którą kierował aż do przejścia na emeryturę. W ramach Katedry działały w tym okresie trzy zakłady, a bliskimi współpracownikami Sakowicza byli profesor Władysław Mańkowski stojący na czele Zakładu Łowisk i Zasobów Morza oraz magister Tadeusz Wojno (późniejszy profesor) z Zakładu Gospodarki Stawowej.
Instytut Rybactwa Śródlądowego, który otrzymał siedzibę w olsztyńskim miasteczku akademickim Kortowo wraz z Wyższą Szkołą Rolniczą (późniejszą Akademią Rolniczo-Techniczną), składał się u progu swojej działalności z działów i zamiejscowych stacji badawczych, a od 1955 z zakładów. W okresie dyrekcji profesora Sakowicza powstały też filie w Gdańsku-Oliwie, Giżycku, Żabieńcu pod Warszawą.