Było to o tyle dziwne, iż w czasie kampanii wyborczej Barak obiecywał, że po objęciu władzy skończy z „korupcyjnym” sponsorowaniem instytucji religijnych pod naciskiem partii religijnych pokroju Szas, pełniących najczęściej w stabilności koalicyjnych rządów rolę „języczka u wagi”. Wkrótce potem, na skutek oddania członkowi Szas stanowiska wiceministra edukacji, członkowie liberalnego ugrupowania Merec na znak protestu wyszli z rządu. Nie oznaczało to końca ustępstw na rzecz ortodoksów. Podczas kadencji Baraka weszło w życie tzw. prawo Tal, zwalniające ze służby wojskowej część religijnych mężczyzn i kobiet.
6 lipca 1999 Ehud Barak został zaprzysiężony na 10. premiera Izraela. W skład koalicji rządowej wchodziły: blok Jeden Izrael, Szas, Merec, Narodowa Partia Religijna, Zjednoczony Judaizm Tory i Jisra’el ba-Alijja. Barak poza funkcją premiera pełnił równocześnie obowiązki Ministra Obrony. Ministrem finansów był Awraham Szochat, a ministrem spraw zagranicznych Dawid Lewi.