Bardzo szybko pojawiły się trudności w utrzymaniu koalicji rządzącej. 5 września 1999 religijna partia Zjednoczony Judaizm Tory wystąpiła z koalicji na znak protestu przeciwko przeniesieniu turbiny przez przedsiębiorstwo energetyczne w szabat. Jeszcze większe kłopoty pojawiły się w marcu 2000, kiedy rzeczywiście koalicja rozpadła się, a wielu jej członków łamało dyscyplinę partyjnego głosowania w parlamencie. Przyczyną rozpadu koalicji było zmuszenie wicepremiera i ministra transportu Icchaka Mordechaja do ustąpienia z urzędów na skutek oskarżenia o przestępstwa na tle seksualnym. Pod koniec swojej kadencji Ehud Barak przygotowywał szereg ustaw mających na celu przeprowadzenie rozdzielenia państwa od synagogi, jednak z powodu braku wystarczającego poparcia politycznego, wycofał się z tych planów.
Ehud Barak zaangażował się również w proces pokojowy, dążąc do osiągnięcia porozumień pokojowych z arabskimi sąsiadami. 3 stycznia 2000 rozpoczął się maraton rozmów izraelsko-syryjskich w Shepherdstown. Na czele izraelskiej delegacji stał Barak, a na czele syryjskiej delegacji Faruk asz-Szara. W rozmowach uczestniczyli amerykański prezydent Bill Clinton i sekretarz stanu Madeleine Albright.