mały|Pekaesowska naczepa z motywem tęczy W latach 90. załamanie przewozów na Bliski Wschód połączone z utratą pozycji monopolisty na rynku transportowym (od 1989 r. także inne przedsiębiorstwa transportowe zyskały prawo wyjeżdżania poza granice Polski swoimi ciężarówkami) spowodowało kłopoty przedsiębiorstwa. Mimo to „Pekaes” odnowił tabor, kupując nowe ciężarówki Iveco, Volvo, Mercedes i Renault. Na naczepach firmowych ciężarówek zaczęto malować motyw tęczy. W 1996 roku „Pekaes” wpadł w poważne kłopoty finansowe, które udało się przezwyciężyć dopiero kolejnym zarządom spółki.
W 1991 roku część przedsiębiorstwa zajmującego się międzynarodowymi przewozami autobusowymi wydzielono do spółki pn. Pekaes-Bus sp. z o.o. W 1996 roku spółka wstąpiła do zrzeszenia Eurolines. W 2000 roku Pekaes-Bus wraz z prywatnymi firmami Przedsiębiorstwo Wielobranżowe „Biacomex” w Białymstoku, Przedsiębiorstwo Usług Turystyczno-Transportowych „Comfort Lines” w Gliwicach, Biuro „Jordan” w Krakowie, „Omnia” w Katowicach i Firma Przewozowo-Usługowa „Sokół” we Wrocławiu utworzył firmę „Eurolines Polska”, mającą wyłączność na używanie nazwy Eurolines w Polscehttp://www.wiecha.com.pl/rozklad.pdf.Na początek był Paryż – Biznes – rp.pl..