W latach 1010–1020 Bernward kazał wznieść kościół Świętego Michała dla klasztoru. Krypta zachodnia kościoła miała być miejscem jego pochówku, stąd też wybór św. Michała, Anioła Śmierci, na patrona świątyni. Krypta została poświęcona przez Bernwarda w 1015. Przyjmuje się, że BernwardNie jest to potwierdzone historycznie. zlecił również wykonanie brązowych wrót (niem. Bernwardstür) i kolumny Chrystusa (niem. Christussäule) dla kościoła Świętego MichałaObiekty te znajdują się od XIX w. w katedrze.. Bernward zmarł w 1022 w klasztorze św. Michała i został pochowany w krypcie.
Kościół został poświęcony w 1033 przez następcę Bernwarda GodehardaPierwsze święcenie nieukończonego budynku odbyło się w 1022.. Po pożarze 1186 oraz przebudowie (odnowiono wszystkie kolumny nawy środkowej), świątynia została ponownie poświęcona za czasów biskupa Adeloga.
W latach 1171–1190 dodano kapitele. W 1192 ogłoszono Bernwarda świętym. Z tego czasu pochodzą reliefy przy wejściu do krypty. Bogato malowany drewniany strop nawy środkowej powstał ok. 1200 r. W 1250 zbudowano nowe krużganki, które połączyły kościół ze starą kaplicą przyklasztorną.