Wraz z nadejściem reformacji kościół został przejęty przez luteranów (dzisiaj Ewangelicko-Luterański Kościół Krajowy Hanoweru). Konwent benedyktyński przetrwał aż do sekularyzacji w 1803 r. Mnisi mogli odprawiać msze w krypcie Bernwarda, która po dziś dzień pozostała katolicka.
Podczas II wojny światowej kościół został zbombardowany przez aliantów w 1945. Odbudowę przeprowadzono w latach 1950–1960. W 1985 kościół został wpisany na listę dziedzictwa kulturowego UNESCO.
Architektura Kościół Świętego Michała jest jednym z najważniejszych zabytków architektury ottońskiej okresu preromańskiego.
Jest to bazylika o dwóch chórach i dwóch transeptach, z wieżami na planie kwadratu na skrzyżowaniu transeptów z nawą główną. Obydwie nawy poprzeczne posiadają po bokach po dwie mniejsze wieże z klatkami schodowymi.
Kościół jest symetryczny: apsyda z transeptem znajdują się zarówno w części wschodniej, jak i zachodniej. Kwadrat skrzyżowania nawy środkowej z transeptem jest jednostką miary, według której zorientowana jest cała budowla. Podobne kwadraty pojawiają się w skrzydłach transeptów, w nawie środkowej oraz w chórze zachodnim pomiędzy nawą środkową a apsydą.