„Cechuje go ofiarna praca, nieugięty charakter, wybitne męstwo osobiste, talent i zdolności organizacyjne do działań w najtrudniejszych warunkach. W pracy podziemnej rozważny, a jednocześnie w nieprzewidzianych sytuacjach - śmiały aż do granic brawury” (Stanisław Krasucki).
Od 1944 ponownie administrował parafią Porudomino. Na tamtejszej plebanii został w styczniu 1945 aresztowany przez NKWD; wywieziony do łagrów radzieckich, przebywał tam do schyłku 1948. Po powrocie do Polski początkowo zatrzymał się u rodziny w Bydgoszczy. Zamierzał podjąć pracę duszpasterską w Poznaniu, skierowany został jednak do diecezji warmińskiej. W 1949 został najpierw wikariuszem w Kętrzynie, by w sierpniu tegoż roku przejść do pracy w parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Olsztynie. Parafią kierował wówczas przedwojenny proboszcz ks. Alfons Wardecki, który ze względu na słabą znajomość języka polskiego potrzebował duszpasterzy pomocniczych (vicarius adiutor). Pilecki zastąpił w olsztyńskiej parafii zmarłego wikariusza ks.