Franciszka Skalskiego, ale nie pracował długo - już 12 grudnia 1949 został zatrzymany przez Urząd Bezpieczeństwa Publicznego i osadzony w areszcie olsztyńskim; tym samym w ważnym dla życia religijnego okresie Adwentu i Bożego Narodzenia znacznie ograniczono pracę duszpasterską parafii (dopiero w styczniu 1950 nowym wikariuszem został inny łagiernik, późniejszy wieloletni proboszcz ks. Jan Romejko). Pilecki, osadzony pod zarzutem działalności antypaństwowej, spędził w więzieniach w Łęczycy i Łodzi kolejne 15 miesięcy.
Po zwolnieniu w 1951 Giedymin Pilecki został mianowany administratorem wiejskiej parafii Nebrowo Wielkie koło Kwidzyna; odnowił tamtejszy kościół parafialny oraz kościół w pobliskich Sadliszkach. W latach 1953–1954 był proboszczem parafii św. Brunona w Bartoszycach i tam także rozpoczął pracę nad odbudową świątyni, mającej charakter zabytkowy. Podobny cel postawił sobie na kolejnej placówce duszpasterskiej – w parafii św. Mikołaja w Elblągu, dokąd przeniesiono go w 1954. W ciągu 13 lat pracy w Elblągu, w największej wówczas parafii diecezji warmińskiej, odbudował ze zniszczeń wojennych i wyposażył monumentalny, zabytkowy kościół, prowadził aktywną pracę duszpasterską, dążył do powiększenia grona księży.