Swoją pracę w administracji wykorzystywał również dla wspierania jeńców francuskich przebywających w III Rzeszy. Latem 1942 nawiązał kontakty z ruchem oporu. Z komisariatu odszedł na początku 1943, gdy jego przełożony został zdymisjonowany, a Pierre Laval dążył do nadania tej instytucji kolaboracyjnego charakteru. Wkrótce całkowicie zerwał z reżimem Francji Vichy, angażując się w działalność opozycyjną, w ramach której przyjął pseudonim „capitaine Morland”. Współtworzył organizację Rassemblement national des prisonniers de guerre. Czasowo ukrywał się wobec zagrożenia aresztowaniem. W grudniu 1943 przedostał się do Londynu, a następnie do Algieru, gdzie spotkał Charles’a de Gaulle’a. Ostatecznie po przerzuceniu do Francji wykonał rozkaz generała, na skutek czego w marcu 1944 doszło do połączenia różnych grup i powstania ruchu Mouvement national des prisonniers de guerre et déportés (MNPGD). François Mitterrand brał udział w powstaniu paryskim. Był sekretarzem generalnym do spraw jeńców wojennych i deportowanych, reprezentował Charles’a de Gaulle’a do czasu przybycia do Paryża rządu tymczasowego.