Głównym środkiem transportu jest statek kosmiczny SSV Normandia, służący jednocześnie za bazę operacyjną Sheparda. Na jego pokładzie postać może rozmawiać z członkami drużyny, kupować nowe wyposażenie i podróżować do innych układów planetarnych. Chociaż w grze zbadać można kilkadziesiąt planet, to tylko na kilku z nich można wylądować i je zbadać. Część można wysondować, żeby znaleźć na nich surowce albo przedmioty związane z zadaniami pobocznymi. Po wylądowaniu na powierzchni planety, postać może przemieszczać się po niej pieszo albo w łaziku M35 Mako. Większość głównych zadań wymaga walki podczas przemieszczania się pieszo, ale niektóre ich segmenty mogą wymagać wykorzystania mako. Pojazd najczęściej niezbędny jest w zadaniach pobocznych, podczas których w trybie swobodnym Shepard eksploruje niezbadane światy. Wyposażenie, takie jak pancerze, broń czy ulepszenia, można znaleźć podczas eksploracji galaktyki albo zakupić u handlarzy.
Walka