Chociaż każda klasa korzysta z broni palnych, sprawnie posługiwać może się jedynie tymi, w których obsłudze została przeszkolona.
Na pokładzie dowodzenia Normandii Shepard zyskuje dostęp do mapy galaktyki, którą może przemierzać i wykonywać w niej zadania. Większość zadań z głównego wątku fabularnego polega przede wszystkim na walce, podczas gdy poboczne w dużej mierze na zbieraniu zasobów i interakcjach z bohaterami niezależnymi. W miarę postępów w fabule, do oddziału Sheparda dołączyć może sześcioro towarzyszy reprezentujących różne klasy, których umiejętności również da się rozwijać. Punkty doświadczenia zdobywać można poprzez wykonywanie zadań, pokonywanie wrogów i eksplorowanie świata. Każdorazowo po zdobyciu odpowiedniej liczby punktów doświadczenia, postacie awansują na kolejny poziom i otrzymują punkty talentów, które można wydać na rozwinięcie ich umiejętności. Każdy talent ma 12 rang, których odblokowanie kosztuje jeden punkt talentu.