Fabuła thumb|left|Logotyp programu N7, którego absolwentem jest Shepard Shepard i Kaidan zostają wysłani do ludzkiej kolonii na Eden Prime, żeby zabezpieczyć odkryty tam niedawno proteański nadajnik. W operacji bierze udział również Nihlus – turiańskie widmo mające ocenić, czy Shepard nadaje się na agenta Rady. Kolonia zostaje zaatakowana przez gethy, a jedną z nielicznych osób ocalałych z ataku jest Ashley. Inne turiańskie widmo, zbuntowany Saren (Fred Tatasciore / Jacek Mikołajczak), zabija Nihlusa i aktywuje nadajnik. Kiedy dociera do niego Shepard, doznaje wizji wojny i śmierci. Donnel Udina (Bill Ratner / Jacek Mikołajczak), radny ludzi, wraz z Shepardem i Andersonem próbuje przekonać Radę Cytadeli, że za wydarzenia odpowiedzialny jest Saren, którego należy pozbawić statusu widma, jednak nie udaje im się przedstawić wystarczających dowodów. Shepard sprzymierza się z turiańskim oficerem SOC Garrusem, quarianką Tali’Zorą i krogańskim najemnikiem Urdnotem Wreksem. Z ich pomocą zdobywa zapisy rozmów pomiędzy Sarenem i matroną asari, Benezją (Marina Sirtis / Anna Ułas), na temat ich zwycięstwa, artefaktu nazywanego „Kanałem” i powrocie Żniwiarzy – uznawanej za legendę superzaawansowanej rasy maszyn, które co 50 tys. lat doprowadzają do wyginięcia wszystkich ras organicznych.