W obliczu zebranych dowodów, Rada uznaje Sarena za zdrajcę, a Sheparda mianuje pierwszym ludzkim widmem i powierza mu zadanie odszukania i wyeliminowania zdrajcy. Anderson przekazuje komandorowi dowództwo nad Normandią – najbardziej zaawansowanym statkiem Przymierza, który testowano podczas misji na Eden Prime – i informuje o kilku poszlakach, jakie udało się zgromadzić na temat SarenaIbidem. Wątek fabularny: Cytadela: Zdemaskuj Sarena..
W ludzkiej kolonii na Feros Shepard dowiaduje się, że Suweren – statek kosmiczny Sarena – ma wyjątkową zdolność kontrolowania umysłów. Na Noverii udaje mu się wytropić i zabić Benezję, która przed śmiercią wyjawia, że zarówno ona, jak i Saren zostali zindoktrynowani przez Suwerena. Próbując dotrzeć do głównej bazy Sarena na Virmirze dowiaduje się, że temu udało się opracować lekarstwo na genofagium – opracowaną przez salarian chorobę genetyczną dziesiątkującą krogan – dzięki któremu chce stworzyć armię niepowstrzymanych krogańskich najemników. Prowadzi to do konfliktu z Wreksem odnośnie do tego, czy lekarstwo należy zniszczyć, czy wykorzystać je, w wyniku którego Shepard może przekonać kroganina do zniszczenia leku albo go zabić. Shepardowi ostatecznie udaje się dotrzeć do bazy Sarena, w której spotyka hologram SuwerenaIbidem.