Proteanie dezaktywowali tam sygnał, dzięki któremu Żniwiarze od milionów lat aktywowali przekaźnik Cytadeli, a planem Sarena jest ponowne jego aktywowanie, żeby umożliwić im rozpoczęcie kolejnej inwazjiIbidem. Wątek fabularny: Ilos: Znajdź Kanał..
Po dotarciu za pomocą Kanału na Cytadelę, Shepard konfrontuje się tam z Sarenem, który ginie z jego ręki albo popełnia samobójstwo, zdając sobie sprawę, że był manipulowany. Destiny Ascension – okręt flagowy Rady z jej członkami na pokładzie – znajduje się pod ciężkim ostrzałem gethów. Shepard musi zdecydować, czy ryzykować poniesieniem ciężkich strat w ludzkiej flocie, która jako jedyna licznie przybyła na miejsce i uratować Radę, czy poświęcić ją i skupić się na pokonaniu Suwerena. Żniwiarz ożywia ciało Sarena i nasyła go na Sheparda, żeby kupić sobie więcej czasu na zdziesiątkowanie floty Przymierza. Ostatecznie Saren zostaje pokonany, a Suweren zniszczony przez Normandię. Jeśli Shepard zdecydował się uratować Radę, ta przyznaje w niej miejsce ludziom;