König in Preussen)Tytuł króla Prus był należny od 1466 roku władcom Polski., wraz z utworzeniem Królestwa Prus, akademia została przemianowana na Königlich Preußische Sozietät der Wissenschaften („Królewskie Pruskie Towarzystwo Nauk”).
O ile inne akademie koncentrowały się na stosunkowo niewielu naukowych tematach, Akademia Pruska była pierwszą, która obok przyrodniczych zajęła się naukami humanistycznymi. W 1710 został ustalony statut akademii; zgodnie z nim akademia została podzielona na cztery zasadnicze oddziały: dwa przyrodnicze i dwa humanistyczne. Ten stan rzeczy pozostał niezmieniony do 1830, kiedy oddziały dotychczasowe zostały zastąpione fizyczno-matematycznymi i filozoficzno-historycznymi.
Panowanie króla Fryderyka II przyniosło akademii znaczące zmiany. W 1744 dotychczasowe Towarzystwo Naukowe zostało połączone z utworzonym w 1743 w Berlinie Nouvelle Société Littéraire w Królewską Akademię Nauk (niem. Königliche Akademie der Wissenschaften). Według nowego statutu obowiązkiem akademii było zamieszczanie publicznych ogłoszeń o nierozstrzygniętych problemach naukowych i – przyznawanie za ich rozwiązanie nagród pieniężnych.