W XVIII wieku akademia wzbogaciła się o własne zaplecze naukowe: w 1709 – obserwatorium; w 1717 – Theatrum Anatomicum (dosł. „teatr anatomiczny” – specjalna sala do wykładów i pokazów z anatomii, z umieszczonym centralnie stołem sekcyjnym i wznoszącymi się w formie amfiteatralnej miejscami dla słuchaczy), które było zalążkiem powstałego w 1723 Collegium medico-chirurgicum (instytucji mającej na celu kontrolowanie teoretycznych i praktycznych umiejętności kształconych w akademii lekarzy); w 1718 ogród botaniczny i w 1753 laboratorium. Jednak wskutek kolejnej gruntownej reorganizacji w latach 1806–1812, zakończonej 24 stycznia 1812 przyjęciem nowego statutu, naukowe wyposażenie akademii przeszło stopniowo na własność Uniwersytetu Berlińskiego.
Z początkiem 1815 powstały przy akademii zakłady badawcze podlegające odpowiednim komisjom uczelnianym (takim jak Komisja Grecko-Rzymskiej Archeologii, Komisja Niemiecka, Komisja Pruska, Komisja Orientalistyki). Zatrudniały one do pracy przeważnie obok własnych naukowców także członków korespondentów.