Niektóre spośród tych zakładów wraz z odpowiadającymi im komisjami stanowiły po 1945 początek uniwersyteckich instytutów.

Pod rządami narodowych socjalistów (1933–1945), akademia była przedmiotem charakterystycznego dla tego czasu w państwie niemieckim procesu nazywanego Gleichschaltung (wyrównywanie): pracownicy i członkowie pochodzenia żydowskiego byli z akademii wydalani. 8 czerwca 1939 wszedł w życie nowy statut, powodując reorganizację akademii zgodnie z zasadą wodzostwa.

Zmiany nazwy Pierwotna jej nazwa brzmiała: Kurfürstlich Brandenburgische Societät der Wissenschaften („Elektorskie Brandenburskie Towarzystwo Naukowe”). Potem zmieniała się kilkukrotnie: na: Królewskie Pruskie Towarzystwo Naukowe; na: Królewska Akademia Nauk; po II wojnie światowej radziecka wojskowa administracja na terenie Niemiec przemianowała 1 lipca 1946 akademię na Niemiecką Akademię Nauk (Deutsche Akademie der Wissenschaften).; w 1972 nazwa została zmieniona na Akademię Nauk Niemieckiej Republiki Demokratycznej (Akademie der Wissenschaften der DDR); po zjednoczeniu Niemiec akademia ta została rozwiązana;