Wojnę przeżył wraz z rodziną w Grabkowie.
W marcu 1945 został namówiony przez Edwarda Ochaba, który był wówczas pełnomocnikiem rządu dla Ziem Odzyskanych, by został jego doradcą naukowym. Pracę tę, która na życzenie Grabskiego nie była związana z wynagrodzeniem, kontynuował w nowo utworzonym Ministerstwie Ziem Odzyskanych. Napisał rozdawaną przesiedleńcom broszurę Polska nad Odrą, Nysą i Pasłęką (1945) oraz przygotował informator historyczny dziejów miast ziem zachodnich pt. 200 miast wraca do Polski (1947), w czym pomagał autorowi teść, Stanisław Wojciechowski.
W 1948 opuścił ministerstwo w proteście przeciw stanowisku reprezentowanym przez władze wobec tzw. „autochtonów”. Kardynał August Hlond powołał go w skład Rady Prymasowskiej dla Odbudowy Kościołów Warszawy, gdzie prowadził sekcję propagandy i napisał tekst do albumu Kościoły Warszawy w Odbudowie, który jednak uzyskał zezwolenie cenzury na druk dopiero w 1956. Publikował również w „Tygodniku Warszawskim” i „Tygodniku Powszechnym”.