Od początku lat 90. diecezja gdańska może użytkować kościół w niedziele i święta – msze odbywają się regularnie od jesieni 1998. Organizuje je Duszpasterstwo Środowisk Twórczych Archidiecezji Gdańskiej. Liturgia sprawowana jest w językach: kaszubskim i polskim. W 1991 kościół formalnie przekazano diecezji gdańskiej, a ta w 1995 wydzierżawiła go na 50 lat Nadbałtyckiemu Centrum Kultury.
W 1996 roku rozpoczął się remont kościoła, m.in. odgruzowywanie i zabezpieczanie wnętrza oraz renowacja i wzmocnienie ścian zewnętrznych. W gruzowisku odnaleziono mnóstwo fragmentów murowanych, wewnętrznych zdobień, płyt nagrobnych, wyposażenie trumien, setki monet z czasów krzyżackich, a nawet gotyckie polichromie z XVI w.
11 listopada 2005 roku w Kościele św. Jana nastąpiło odsłonięcie obrazu Ostatnia Wieczerza Macieja Świeszewskiego, które było wydarzeniem towarzyszącym Areopagu 2005. Wernisaż zgromadził 2,5 tys. osób.
thumb|Sceneria spektaklu Otello w Kościele św.