Jana (X Festiwal Szekspirowski) W 2006 mroczne i przytłaczające swoim ogromem wnętrze kościoła było scenerią dla spektakli teatralnych X Festiwalu Szekspirowskiegohttps://web.archive.org/web/20210309115743/http://www.teatr-szekspir.gda.pl/. thumb|Kościół z otoczeniem, 2009 Renowacja kościoła, polegająca na pracach konserwatorskich przy ścianach, sklepieniach i płytach nagrobnych korpusu nawowego oraz wieży, a także rekonstrukcji kamiennej posadzki (I etap) oraz pracach przy elewacjach zewnętrznych kościoła i wieży oraz ścianach wewnętrznych prezbiterium (II etap), została zakończona w 2012 roku. Wtedy też udostępniono kościół dla zwiedzających. Koszt wykonanych prac wyniósł 16,8 mln zł (w tym 11,3 mln z UE)"Metro" 30 listopada 2011. W październiku 2012 umieszczono na wieży zrekonstruowany zegar z 4 tarczami o średnicy ponad 4 metrówDorota Karaś "Zegar pokryty 24-karatowym złotem wrócił na wieżę św. Jana" [dostęp 02.11.2012]. Do wnętrza wieży wrócił również oryginalny dzwon zegarowy z 1543 roku, który dziś wybija godziny. W grudniu 2012 powróciły na swoje miejsca barokowe epitafia, m.in.