Architektura Kościół św. Jana jest kościołem trójnawowym, halowym z jednonawowym transeptem. Każda z trzech naw korpusu i prezbiterium nakryta jest osobnym dachem. Długość kościoła wynosi 55,10 m, szerokość 20,18 m. Czterokondygnacyjna wieża ma wysokość 47 m. Jest ona udekorowana zespołami blend i ornamentowanymi fryzami, odzwierciedlającymi kilkuetapowy czas jej powstawania. Wieża jest nakryta niewysokim czterospadowym dachem i zwieńczona smukłą sygnaturką.
Wyposażenie thumb|Ołtarz główny (przed rekonstrukcją) thumb|Nagrobek Nathanaela Schrödera thumb|Epitafium Adelgundy Zappio thumb|Epitafium Johanna Hutzinga thumb|Epitafium Wawrzyńca Fabriciusa thumb|Figury Matki Boskiej i św. Jana z belki tęczowej kościoła św. Jana w Gdańsku thumb|Zrekonstruowane organy Johanna Friedricha Rhode
Ołtarz główny Najcenniejszym elementem wyposażenia jest renesansowy, wykonany z kamienia (szarego piaskowca gotlandzkiego i brunatnego marmuru), ołtarz główny, dedykowany św. Janowi Chrzcicielowi. Wykonał go w latach 1599–1612 Abraham van den Blocke.