W czasie pożaru w 1945 zwęgleniu uległy polichromie; w kolejnych latach znajdujący się we wnętrzu zrujnowanego kościoła ołtarz był dewastowany i popadał w ruinę; konserwacji dokonano w latach 1995-97.
Wolno stojący ołtarz stanowi dużą konstrukcję architektoniczną, trójkondygnacyjną ze zwieńczeniem. Retabulum ma wysokość 12 m i szerokość 5,30 m. W predelli znajdują się obok siebie dwa reliefy ze scenami Paschy żydowskiej oraz Ostatniej wieczerzy. Ponad predellą umieszczony jest centralny relief przedstawiający Chrzest Chrystusa w Jordanie. Flankują go, umieszczone w arkadowych przeźroczach figury św. Pawła (z prawej) i św. Jana Chrzciciela (z lewej). W reliefach drugiej kondygnacji, rozdzielonych kanelowaną kolumienką, Św. Jan Chrzciciel nauczający na pustyni (obok apostoł św. Piotr) i Herodiada otrzymująca ściętą głowę Jana Chrzciciela (obok św. Jan Ewangelista). Kondygnację tę flankują wolno stojące figury proroka Eliasza i Henocha. W trzeciej kondygnacji owalny relief przedstawia Zmartwychwstanie Chrystusa. W zwieńczeniu nisza, a w niej popiersie Mojżesza z tablicą dziesięciorga przykazań. Całość wieńczy mitologiczny pelikan, który krwią z własnej piersi karmi dwójkę piskląt.