Franz szukał wsparcia u kilku duchownych, w tym u swojego proboszcza, który podczas spowiedzi nazwał go samobójcą i u biskupa Linzu Josepha Fließera, który próbując nakłonić Franza do zmiany stanowiska, powoływał się na poczucie odpowiedzialności: „Daremnie wyjaśniałem mu zasady moralne, co do stopnia odpowiedzialności obywatela i osoby prywatnej za czyny przełożonych, i przypominałem mu o jego znacznie większej odpowiedzialności za swoje życie prywatne, szczególnie za rodzinę.”
W 1941, po śmierci dotychczasowego kościelnego z kościoła w Sankt Radegund, Jägerstätter przyjął propozycję objęcia tej funkcji.
Wreszcie Jägerstätter po raz trzeci został powołany do wojska. 23 lutego 1943 otrzymał wezwanie do stawienia się 25 lutego w jednostce w Enns. Do swojego przyjaciela, proboszcza Josefa Karobatha napisał: „Muszę Cię poinformować, że prawdopodobnie już niedługo stracisz kolejnego ze swoich parafian. Otrzymałem dziś powołanie...”.