Franziska wykazywała coraz większe zrozumienie dla postawy męża.
8 grudnia 1940, podczas stacjonowania jednostki w Enns, Jägerstätter wraz z innym żołnierzem zostali przyjęci do Trzeciego Zakonu św. Franciszka. Do reguły należało zobowiązanie do „wprowadzania pokoju”. W rok po obłóczynach Franz miał złożyć profesję w rodzinnej miejscowości.
Jägerstätter nie był jednak zdeklarowanym pacyfistą. Jednostkowy udział w wojnie, którą wywołał Hitler, by zawładnąć światem, uważał za ciężki grzech i winę: „A czego wymaga się od chrześcijan? Nie mają składać ofiar, ale za to napadać na innych ludzi, rabować, a nawet mordować, żeby mogła powstać narodowosocjalistyczna światowa Rzesza”. Równocześnie nie zgadzał się z poglądem, że taka wojna nie może być traktowana jako niesprawiedliwa, bowiem ma także służyć w zwalczeniu bolszewizmu.
Odmowa pełnienia służby wojskowej stanowiła dla Jägerstättera niebezpieczeństwo utraty życia. Wszyscy bliscy – włącznie z żoną – starali mu się wyperswadować upór, ale gdy pozostał samotny przy swoich poglądach, wsparła go żona. Gdyby nie udzieliła mu poparcia, pozostałby osamotniony przeciw wszystkim.